En las aguas dulces podemos encontrar que la biodiversidad es mucho más variada que en los otros ecosistemas, pero a gran velocidad desaparece. Muchos animales se encuentran a punto de desaparecer. Los grandes problemas son el crecimiento de la población humana, y el impacto industrial y agrícola. El agua dulce es su hábitat natural, cada vez es más escaso, ya que esta agua se va contaminando.
A estos problemas se le suman la deforestación que provoca la sedimentación, también la introducción descontrolada de especies invasoras, el calentamiento global lo que ocasiona acidificación en lagos y ríos, así como la sobreexplotación pesquera.
Proporciona muchos bienes y servicios importantes al hombre esta enorme biodiversidad, como agua potable, provisión de alimentos agrícolas, regulación de enfermedades, también materiales de construcción, regulación de las inundaciones.
Se deben crear áreas protegidas para solucionar este grave problema, aumentar la investigación de estas especies para conservarlas.
